Den hvælvede kælder under Lyngbygårds nuværende hovedbygning er opført i forbindelse med gårdens første hovedbygning fra omkring 1570. Det var et smalt stenhus i to stokværk bygget af munkesten.
Kælderen er også opført i munkesten og har oprindeligt huset gårdens første køkken. I kælderens vestlige ende ses et nu tilmuret åbent ildsted hvor maden blev tilberedt.
Nedgang til kælderen
Nedgangen til kælderen sker direkte fra gårdspladsen ad en snæver muret trappe.
Under den tyske besættelse af Danmark 1940-45 indrettede gårdens daværende ejer Aage Søborg skjulested for den modstandsgruppe han selv var leder af.
Fra denne periode stammer 3 das og en forstærkede ydermur til beskyttelse af nedgangen som kunne modstå en evt. sprængning.